Các bộ phận được sử dụng làm thuốc của cây ba đậu gồm có:
Hạt của cây ba đậu là bộ phận phổ biến nhất được dùng để làm thuốc.
Ngoài ra, rễ và lá cây ba đậu cũng được dùng nhưng ít phổ biến hơn.
Một số cách bào chế làm giảm độc tính của vị thuốc ba đậu:
Lấy hạt ba đậu giã nát, cho thêm dầu mè và rượu với tỷ lệ 1:1, nấu cho cạn khô, nghiền nát như cao.
Bóc bỏ vỏ ngoài lấy phần nhân hạt, lấy giấy bản gói kín lại, nghiền nát để cho dầu ngấm hết ra giấy, phần bã còn lại gọi là Ba đậu sương.
Hạt ba đậu bỏ vỏ, giã nát, quấn giấy bản, ép cho ra dầu, thay giấy bản khác cho đến khi dầu không thấm ra nữa thì thôi, sau đó đem sao qua cho vàng, nếu sao đen gọi là Hắc ba đậu.